相比於存貨，固定資產等有形資產，長期股權投資風險較大，一方面長期股權投資的取得往往涉及到企業整體經營策略和長期的發展規劃，還會給企業造成巨額的現金流出；另一方面長期股權投資在持有期間還會涉及到對被投資單位的管理、投資收益的計算以及減值測試等複雜的問題。為了防範有關長期股權投資的風險，企業應當按照《企業內部控制基本規範》和《企業內部控制應用指引》的相關規定建立起完善的長期股權投資內部控制制度體系。
一、長期股權投資的控制目標
（一）保證長期股權投資符合企業戰略發展需求
企業取得長期股權投資的目的一般包括控制或共同控制被投資單位的生產經營活動，如對子公司和合營企業的投資，或者通過持有的部分股權對被投資單位的生產經營施加重大影響，如對聯營企業的投資，無論是哪種方式，投資企業都可以獲取一定的被投資單位技術、產品、原料等方面的優勢，並分享被投資企業的營業利潤。為了最大程度上獲取以上收益，企業在選擇被投資企業時，應綜合考慮企業長期的發展戰略部署。具體來說，選擇時要突出主業，既可縱向通過選擇上遊或下遊企業以保障原料的供給或產品的銷售；也可橫向選擇同類企業，以擴大生產經營規模，取得規模效益；為了實現跨行業經營，也可以選擇其他行業的企業進行合併，從而實現企業經營集團化，分散經營風險，但不論選擇哪種方式都應將長期股權投資有機地納入到企業發展戰略之中。不考慮企業發展戰略的長期股權投資只能是盲目投資，只會給企業帶來巨大的投資風險。
（二）保證長期股權投資的收益與成本相配比
企業收購、兼併活動的成功需要大量的資金支援，因此與投資活動相對應是系統的籌資活動。籌資會給企業帶來一定的籌資成本，特別是債權性籌資，企業要擔負硬性的還本付息義務。長期股權投資不同於交易性金融資產，變現能力差，如果長期股權投資取得的收益不能彌補籌資成本，會給企業的持續經營帶來影響。因此，企業在取得長期股權投資時要以資金實力和籌資能力為限，投資帶來的現金流入的規模和時間要與籌資的現金流量儘量保持一致，以避免財務危機的發生。
保證長期股權投資的收益與成本相配比，還表現在企業選擇的長期股權投資項目應是最優項目上面，即企業應當以最低的成本獲取最大的收益。在現實工作中，一些企業，特別是國有企業還存在為投資而投資的現象，長期股權投資效益低下，資金使用嚴重浪費。在上市公司中，如果大股東利用相對控股權挪用現金流，進行盲目投資以增加自身的控制權，還會侵犯到小股東的權益。因此，在對長期股權投資進行內部控制制度設計時，就要從根本上防範低效專案的投資。
二、長期股權投資存在的主要控制風險
成功的長期股權投資可以迅速使企業的生產經營活動上規模、上檔次，或者打開企業新的銷售市場，完成企業靠自身積累很難實現的業績。如聯想集團在收購IBM後，不僅獲得了IBM先進的生產技術和管理經驗，還提高了企業的知名度，擴大了國際市場份額，可謂多贏。但長期股權投資在帶來高收益的同時也隱藏著巨大的投資風險，如果企業沒有充分的能力去應對這些風險，很可能會給企業帶來滅頂之災。按照我國新頒佈的《企業內部控制規範》的思想，企業長期般權投資控制活動的設計應與投資活動中的潛在風險緊密相關，通過控制活動來應對主要的風險點。結合《企業內部控制規範》的規定，長期股權投資可能涉及的控制風險主要包括以下幾方面。
（一）長期股權投資不符合國家的法律規定或產業政策
一般意義上來講，企業擁有了一項長期股權投資，就代表著涉入了另外一家企業的生產經營領域。雖然近幾年在市場經濟條件下，國家對企業的從業範圍不再做嚴格的規定，集團公司中跨業經營現象極為常見，但企業在選擇投資方向時依然要考慮國家的相關規定，不能唯利是圖，應該做到與國家的法律規定或產業政策保持一致。特別是國有企業或上市公司的從業範圍要嚴格按照國家相關法律規定的要求執行，國有企業還應當承擔一定的社會示範責任，積極主動地執行國家產業政策，否則會給企業帶來不必要的損失。另一方面，在符合國家法律規定和產業政策的前提下，企業在進行長期股權投資時，也應破除陳舊的投資理念，把握市場機遇，迎合市場需求，積極地利用長期股權投資，降低經營風險或者是完成企業轉型。
（二）長期股權投資的取得未經過恰當的授權批準
授權控制是指在具體經濟業務發生之前，即按照事先規定的程式對其效益性、合法性以及流程進行核準、監控以決定是否讓其發生的措施。授權批準屬於事前控制，可以將錯誤行為制止在發生之前，最大程度地減少企業的決策成本，部分長期股權投資金額大，投資風險大，因此企業必須對長期股權投資設立嚴密的授權審批制度。通過授權審批企業的高層管理人員，可以有效地避免下級人員由於專業水準不足而導致的長期股權決策失誤，或者由於對企業總體戰略把握不足而使長期股權投資偏離企業的長遠規劃。
重大長期股權投資的審批決策權應交由董事會、股東會等類似權力機構執行，嚴格禁止董事會將重大長期股權投資的決策權層層下放。企業中發生的長期股權投資的違規行為多與下級人員擁有不恰當的投資決策權有關，例如深圳市三九物業公司原總經理挪用巨額款項購買股票案就是因為企業在內部控制制度設計上缺乏基本的授權控制，總經理不需經上級公司及本公司領導的同意就可以進行股票投資。國有企業中符合“三重一大”事項的還應按照2010年國務院辦公廳頒發的《關於進一步推進國有企業貫徹落實“三重一大”決策制度的意見》中的相關規定及基本程式，對符合“三重一大”事項的長期股權投資交由黨委（黨組）、董事會、未設董事會的經理班子進行集體決策。
（三）長期股權投資的會計處理不正確
長期股權投資從取得、持有到處置都會涉計較為複雜的會計處理程式。兼併式的長期股權投資取得時的會計處理方式按照《企業會計準則》的規定分為同一控制下和非同一控制下兩類，從稅法的角度又可以分為免稅合併和應稅合併。不同的會計處理方法的選擇會給企業長期股權投資的入賬價值帶來重大影響，從而進一步影響後期損益的確認。長期股權投資的會計處理複雜、繁瑣，是公認的會計核算難題之一，需要會計人員有較強的職業能力，如果企業會計核算失誤會直接導致會計資料錯誤，會計資訊虛假，如果誤導了資訊使用者則會承擔一定的法律責任。
三、長期股權投資的控制流程設計
按照新《企業內部控制基本規範》的思想，在明確了長期股權投資的控制目標、控制風險點以後，企業應當按照自身情況建立起符合本企業實際投資狀況的長期股權投資內部流程，並嚴格執行。
（一）提出投資專案建議
企業應當建立投資預算管理制度，由財務部門或專設的投資管理部門列出擬投資的物件、投資規模、投資目的、預計投資收益等，經預算管理部門審批後，報總經理和董事會審批。企業應當組織專家對投資方案進行戰略性評估，以保證投資項目符合企業的長期發展戰略。同時，企業還應對投資項目的可行性進行研究，組織專家論證，編寫可行性研究報告。可行性研究報告至少應當包括投資規模、方向和時機是否適當；投資的技術、市場和財務是否可行；投資專案的預計現金流量、風險和報酬。可行性報告經專家論證後交由董事會進行審批，只有審批後的投資專案才可予以實施。對於審批通過的投資項目，企業應當編寫投資計畫書並草擬投資合同，與被投資單位進行討論。投資合同的重要條款可以聘請律師、註冊會計師、註冊評估師等專業人員進行審核，審核後的投資合同應由董事會或相關授權人員簽署。
（二）對專案進行投資
企業應當根據簽署的正式投資合同，按照投資計畫進度，及時足額地投放投資資金，嚴格控制資金流量和時間。為防止長期股權投資過程中出現的舞弊現象，要以投資計畫為依據，按照職務分離和授權審批制度，明確投資業務的會計記錄、資金收付和憑證保管的職責分工，對長期股權投資專案實施過程進行監督和控制。長期股權投資成立後，與投資相關的重要檔，包括投資預算、可行性研究報告、投資批準檔、被投資公司工商登記資料、出資證明書、公司章程應交由專人保管，與股權投資相關的有價證券可委託專門機構保管，或者在企業內部建立兩名人員以上的聯合控制制度，證券的接觸需詳細記錄和簽名。
為保障與長期股權投資相關的會計資訊的提供，企業應當建立完善的會計核算制度，按照投資的種類設置明細賬，詳細記錄相關資料，核算方法要符合《企業會計準則》的規定。每年年末，企業在取得被投資企業經審計的財務報表等會計資料後，由會計人員復核被投資公司的財務資訊，按權益法或成本法計算投資收益，經會計主管審核後進行賬務處理。企業的內部審計人員應定期對投資業務的會計處理進行審查。
（三）對投資專案進行處置
對不符合企業發展戰略或喪失繼續持有價值的長期股權投資，企業應及時進行處置。對長期股權投資的處置，要由專門部門提出處置報告，列明處置的長期股權投資的種類、數量、原因以及處置方式，報授權部門進行審批，特別重大的還應當報董事會進行集體決策。為防止處置過程中的舞弊行為，長期股權投資的處置價格應由外聘的資產評估機構進行評估，也可將整個處置委託專業機構來完成。
（四）對長期股權投資效益進行評價
在投資過程中以及投資結束後，應由內部審計人員或聘請註冊會計師對長期股權投資的整個過程進行評價。評價的方式可以借鑒平衡計分卡的理論進行多維評價，內容可以包括定性地評價長期股權投資的內在風險性和長期股權投資對企業競爭能力的提升程度；定量地評價長期股權投資的經濟性，可以採用的指標包括投資的年現金淨流量、投資的內涵報酬率、投資的成本回收期等，具體的評價內容和評價指標企業可以根據自身情況設定。
對長期股權投資過程中出現的失誤，企業應建立責任追究制度，明確決策者和實施者應承擔的責任。對於因重大決策失誤而造成的損失，企業應追究董事會等相關決策人員的責任；對在投資過程中違規操作而給企業造成損失的，應追究具體實施人員的責任。相關人員承擔責任的方式除經營責任外，還應當包括撤銷職務、停止升遷等制裁。
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